Комплекс собственно лимбических подразделений, обеспечивающий ответные реакции на процессы в верхних эшелонах головного мозга, включает в себя следующие морфологические образования: черная субстанция (substantia nigra), гипофиз и ядра гипоталамуса. Их объединяют энергетические программы, связанные с ядрами гипоталамуса и охватывающие арсенальные структуры, а также гипофиз, взаимодействующий с ромбовидной линзой и зрительно-слуховыми информационными каналами.
Работа данной системы направлена на модулирование как гормонального фона организма, адекватного приходящей информации, так и внутреннего равновесного фона в собственно лимбической системе. Такой внутренний биохимический фон, влияющий на структуры лимбической системы, создаёт гипофиз в ответ на внешнее воздействие. Однако возникает не только гормональный ответ в виде суммы гормонов, поступивших в кровь, но и определённый энергетический фон. При поступлении в кровь какого-либо гормона его энергетический след в лимбической системе вызывает включение многочисленных механизмов, стимулирующих арсенальные программы на поиск аналога возникшей ситуации.
Гормоны являются передаточными звеньями для запуска каких-либо процессов в организме, при этом можно выделить класс специфических гормональных соединений, продуцируемых, в основном, ядрами гипоталамуса. Эти вещества предназначены для поддержания определённого стабилизирующего фона в лимбической системе. По своей структуре они несколько отличаются от гормонов. Продуцирование стимулирующих и тормозящих процессы веществ всегда осуществляется на каком-либо фоне, влияющем на ответную реакцию.
Считается, что интенсивность ответной реакции зависит от соотношения стимулирующих и ингибирующих гормональных соединений, а также от количества выделяемых вторичных биохимических соединений в «клетках-мишенях». На самом же деле это определяется состоянием лимбической системы, зависящим от количества стабилизирующего гормона. Он продуцируется в голубом пятне, а область его приложения – гиппокамп.
Подробнее ядерные образования гипоталамуса рассмотрены в следующем разделе.